北海—涠洲航线 全长36海里。1992年8月，北海市水路运输服务站与台湾商人陈哲民合作兴办“北海市富民旅运有限公司”，投入一艘50客位钢质普通客船—“富民”号，从事北海—涠洲客运业务；1993年7月，由自治区计委、交通部门、北海市三方共同筹资400万元，以“改善北海市区至涠洲岛交通条件”为目的，在武汉设计和建造了288客位“飞跃167”号客船投入北海—涠洲客运，替换1977年8月投入涠洲客运航线的“飞跃161”号客船，同时将航班时间由隔日往返改为当日往返；1994年6月，金海湾旅游客运公司利用澳洲银行贷款331万美元从澳大利亚引进了全铝合金船体、航速达到30节的326客位豪华高速客轮“飞达”号投入涠洲航线；1994年8月，诺亚方舟航海有限公司从俄罗斯购进航速达到25节的“柯尔西达”型130客位高速水翼船2艘，投入涠洲客运航线营运。20世纪90年代中期，由于涠洲客运航线客源严重不足，造成运力过剩。到1996年，涠洲客运航线只有“飞跃168”一艘客船在营运，其余先后退出该航线。
2004年5月，海运公司投巨资竞购“飞达”号豪华高速客轮，涠洲客运航线单船次的航行时间由180分钟缩短为70分钟。
2005～2010年，涠洲旅游业有了较大发展，“黄金周”、“清明节”等客运高峰期间出现旅客购票难的现象，北海海运总公司将北海—海口航线的“北部湾1号”、“北部湾2号”、“北部湾3号”3艘客滚船，轮流临时加班涠洲客运航线的运营，保证该航线的畅通。
2006年7月，北海市政府与新奥集团股份有限公司正式签订《广西北海海运总公司国有产权转让合同》，11月更名为北海新奥海洋运输公司，12月购进“飞逸”号高速铝合金双体船投入涠洲航线的运营；2008年2月，新奥海洋运输公司购进“飞鱼”号高速铝合金双体船投入涠洲航线的运营。经营北海—涠洲客运航线的客轮有7艘2305客位，其中普通客船1艘（船名“飞跃168”、288客位），高速客船3艘（船名“飞逸”、“飞达”、“飞鱼”，共922客位），节假日临时加班的客滚船3艘（船名“北部湾1号”、“北部湾2号”、“北部湾3号，共1095客位）；2010～2011年，经营北海—涠洲航线的货船有”北涠001“、”北涠002“、北涠003”、“北涠118”、“新航海196”、“顺兴18”等9艘，共986吨载重。2011～2012年北海—涠洲海岛旅游航线持续爆棚，日接待游客能力达5000人以上。